中共哈尔滨市委党校成立于1948年，是全国最早成立的城市党校之一。哈尔滨市委党校建校以来，随着社会的变革，经历了全国解放战争、新民主主义向社会主义过渡时期、全面建设社会主义时期、“文革”时期、两年徘徊时期和改革开放的新时期。期间曾几度更名，有过多次合校的变革。但她始终坚持在市委、市政府的正确领导下，励精图治、攻坚克难、力争上游，在曲折前进的道路上和祖国同呼吸、共命运，较好地完成了上级交付的一个又一个任务，取得了一个又一个佳绩，为哈尔滨的经济发展和社会进步作出了重要贡献。
1946年4月28日哈尔滨解放后，5月3日正式成立市政府。1946年11月18日，哈尔滨市委改为特别市委。在全市仅有597名党员的情况下，根据当时建党、建政的需要，特别市委于1947年举办6期小型短期轮训班，于1948年举办3期党训班，以满足提高党员干部思想政治素质和工作水平需要。1948年9月10日，中共哈尔滨特别市委经中共中央东北局批准，常委会议决定，在原党训班基础上扩大成立党校。中共哈尔滨特别市委党校正式建校，市委书记张平化兼任校长。市委党校历史上第一个班次是1948年12月6日至1949年5月1日举办的为期5个月的中级干部培训班。1949年4月南京解放后，关内急需大量干部，许多经过党校教育甚至还在党校培训学习的干部被调往祖国各地。其中，仅1949年哈尔滨调出1366名干部南下，其中多数参加过党校培训，有力地支持了全国解放战争和革命事业。
1949年3月1日，哈尔滨特别市改为哈尔滨市，隶属于东北行政委员会。4月21日，哈尔滨市又改为松江省辖市。哈尔滨市委隶属于松江省委。哈尔滨特别市委党校也就随之改为哈尔滨市委党校。1953年3月，市委党校与松江省委党校合并。1954年6月19日，中央人民政府委员会决定撤销松江省建制，松江省与黑龙江省合并为黑龙江省，原松江省委党校与原黑龙江省委党校合并为新的黑龙江省委党校。1955年7月，根据中共中央“关于调整党校布局”的精神，黑龙江省委决定将黑龙江省行政干部学校改建为黑龙江省委第一初级党校，委托哈尔滨市委代管。1957年1月，经省委批准，中共黑龙江省委第一初级党校“下放给”中共哈尔滨市委，改称中共哈尔滨市委初级党校。1958年6月，中共哈尔滨市委初级党校改称为中共哈尔滨市委党校。
1958年9月至1966年5月，党校先后举办轮训班、初中级干部短训班、师资班、流动党校、冬训班等学制长短不同的班次，培训干部、师资、党员等万余人次，实现由小规模、单一性轮训向较大规模、长短期结合培训的转变。从1961年11月至1963年1月，连续举办9期中级党员干部轮训班。这次轮训对纠正党的工作中“左”的错误，促进党内生活正常化、民主化起了积极作用。1966年，受“文革”影响，党校基本失去教学和工作的自主性。1972年10月，部分原党校同志利用仅存的条件和设备，在市委直接领导下，把被砸烂的“修正主义大染缸”办成不叫做党校的党校，开办干部读书班和工农兵干部学习班。干部读书班至1976年“文革”结束，期间组织学员系统学习马列主义经典著作，开办学习班17期。从某种意义上讲，干部读书班的开办，为“文革”结束后迅速恢复党校奠定了一定的基础。
1976年至1995年，党校进入恢复与正规化建设时期。1977年10月，中央颁布《关于办好各级党校的决定》，在“加强党的建设，办好各级党校，加强理论教育”精神指导下，1978年4月，中共哈尔滨市委党校正式复校。十一届三中全会后，党的工作重心转移，培养造就大批有文化、懂科学、懂技术、会管理的人才，成为当务之急。党校于1980年开始开办两年制干部培训班，促进了干部队伍的革命化、年轻化、知识化、专业化进程，为哈尔滨市干部队伍新老交替提供了条件。根据党的十二大精神，党校从短期轮训干部为主逐步转向正规化培训干部为主。1983年，省委根据中央〔1983〕14号文件精神，在《中共黑龙江省委关于实现党校教育正规化的意见》中，确定“哈尔滨市委党校属于高等院校本科体制”。1985年12月19日，中央党校同意在今后有关工作中给予哈尔滨市委党校以省级党校待遇。1988年首次招收本科班。
1996年7月，党校成立哈尔滨市干部函授教育学院，试办函授学历教育研究生班。同年11月，市委党校与原松花江地委党校合并。2003年9月，与哈尔滨市行政学院、哈尔滨企业管理培训中心合并。2004年4月，经中共哈尔滨市第11届委员会第19次常务委员会议决定，市委党校管理体制为校务委员会制度。2006年，市委党校以菜单式、学分制、督学制为主要内容实施干部教育体制改革，在全国党校系统引起较大反响。按照中央大规模培训干部，大幅度提高干部素质的要求，市委党校积极创新办学思路，拓宽办学途径，在全市掀起了新一轮干部培训高潮，哈尔滨市保密教育培训基地、哈尔滨市直属机关工委党校、哈尔滨廉政文化教育中心、哈电集团党校在党校相继挂牌，与东北农业大学职业技术学院合作开办“村村大学生”培训，与澳门国际公开大学合作开展境外培训，全方位、多层次的培训方式，推动党校年培训轮训规模突破万人次，党校教育培训工作步入新的历史发展阶段。2011年，在市委市政府大力支持下，市委党校与市建委密切配合，着手建设16150平方米的教学综合楼，于2013年9月建成投入使用，该工程荣获2013年度“沈、长、哈”三市优质工程金杯奖和第28届三市优质观摩工程奖。2012年，为贯彻落实好《中国共产党党校工作条例》和《2010—2020年干部教育培训改革纲要》，进一步提高全市党校系统的整体办学水平，市委党校不断加大对基层党校教学、科研的扶持力度，配合市委组织部推进区级党校办学体制改革，道里、呼兰和阿城3个区级党校成为市委党校分校。2007年1月，常务副校长沈东生应邀在全国党校校长会议上作题为《全面贯彻干部教育培训工作条例努力把党校办成干部教育培训的主阵地》的经验介绍，汇报了干部教育培训制度改革的突出成果。1997年，党校获评省级文明单位。2001年，党校获评省、市级保密教育“三五”普法先进单位，荣获第四届市直机关职工体育运动会精神文明奖和广播操表演奖。2002年，获评全市职工生活保障竞赛“解难杯”先进集体、全市婚育新风进万家先进集体、机关档案工作目标管理省级标兵。2003年，获评省级文明单位标兵、市2003年度扶贫帮乡工作先进单位。2004年，获评哈尔滨市扶贫帮乡先进集体、“真情助学行动”先进单位、南岗区扶残助残先进单位、南岗区驻社区单位先进党组织、市总工会科教文系统先进集体、三育人先进集体、科教系统女职工工作先进单位，荣获第五届市直机关职工运动会精神文明奖和广播体操表演奖。2005年，获评全国数字化图书馆建设先进单位、省教育系统“三大工程”先进单位、市教育系统“三育人先进单位”、科教系统女职工工作先进单位、哈尔滨市平安示范单位。2006年6月，中共哈尔滨市委党校校务委员会获评市党风廉政建设先进集体。2006年、2007年分别荣获全国党干校系统科研工作进步奖和组织奖。2007年，再次获评省级文明单位标兵，荣获省社科联合会优秀成果三等奖。2006年、2007年连续荣获全省党干校系统科研组织奖，市委党校系统学会连续两年被市社科联授予“年度标兵学会”称号。
2016年秋季以来，市委党校认真贯彻习近平总书记系列重要讲话精神、治国理政新理念新思想新战略和党的十八大以来的重要会议精神，以及省第十二次党代会精神、市第十四次党代会精神，深入落实中央及省委关于加强和改进新形势下党校工作的意见，确立了“教学、科研、咨政、宣传”四位一体系统工程的科学定位，突出强化教学科研的中心地位，推进校风、教风、学风建设，党校事业迈向蓬勃发展的新时期。教学方面，加大改革调整力度。为拓宽学员视野，创新开展异地实践教学，组织学员赴上海、深圳等改革先行区开办专题研讨班；为增强学员理论联系实际能力，开展“三进、三同、三促”活动，形成特色鲜明的“6+1+1+1”培训模式，既有在校学习，又有教师带队下基层调研；为加强学员党性教育，开发东北抗联精神党性教育基地，以哈尔滨为轴心，辐射周边区县，设计6条东北抗联精神党性教育路线，现已组织市管领导干部培训班、优秀中青年干部培训班、处级公务员任职培训班等5个班次赴基地学习调研，重温抗联历史、重走抗联路。科研方面，增强理论研究支撑作用。高层次课题取得重大突破，有2项国家社科基金课题获得立项，实现了我校近10年来国家级课题零的突破；立足地方特色，在全省率先成立东北抗联精神研究会，深度挖掘、研究、传承、发扬东北抗联精神及其时代价值。咨政方面，服务全市工作大局。引导教师、学员深入基层围绕哈尔滨新区建设、打造对俄合作中心城市等内容开展调查研究。宣传方面，提供正确思想引领。组织教研人员接受哈尔滨广播电视台访谈，在《哈尔滨日报》发表理论文章，深入机关、企业、社区、农村进行理论宣讲，努力传播党的声音。2017年，在全国省级党校副省级城市党校第十一届优秀科研工作评奖中，获评优秀科研工作组织奖。
时光荏苒，党校已经走过近70载春秋。回首既往，我们应当为党校取得的辉煌成绩而喝彩，党校人可以自信地说无愧于党和人民对于我们的信任和支持。今后，我们将在市委市政府的正确领导下，不忘初心、继续前进，努力打造“思想纯洁、充满活力、持续创新、彰显魅力、纪律严明”五型党校，为哈尔滨市加快振兴发展步伐做出新的贡献。